من أجل تحقيق رسالته والمتمثّلة في رصد ومعالجة ومنع انتشار الإمراض المعدية في دولة قطر، خاصة تلك البالغة الأثر على المجتمع، تمّ تجهيز مركز الأمراض الانتقالية بخمسة وستين (65) غرفة للعزل الصحي يتمّ تشغيلها وفقاً لأعلى المعايير والتوصيات الدولية الخاصة بمرافق عزل مرضى الأمراض المعدية، ويتمّ تزويد المرضى المعزولين خشية نقلهم للمرض عن طريق الهواء أو الرذاذ في هذه الغرف ذات التصميم المتطور بالرعاية الصحية التي يحتاجونها مع المحافظة على سلامة كلّ من المرضى وموظفي الرعاية الصحية.